Data la sua posizione elevata e dominante il Ceresio e il territorio in direzione di Varese, si suppone che qui sorgesse un punto d’osservazione militare alto medievale che si inseriva in un’articolata rete di torri e vedette segnaletiche che interessavano l’intera regione del Seprio. S. Agata, infatti, è in diretta comunicazione con S. Agata di Tremona, la cima del Monte S. Giorgio e il S. Salvatore, sulla cui sommità si trovavano delle fortificazioni.
Di rilievo è la sua essenziale ed elegante struttura absidale, che appare improvvisamente al visitatore tra le fronde degli alberi. L’interno, a vano unico, è intonacato e spoglio.